基于上皮刷检和支气管活检的转录组驱动分析定义哮喘表型（来自U-BIOPRED研究项目）
2016/09/28
背景及目的：哮喘是一种由多种免疫和炎症机制介导的异质性疾病。我们应用气道组织转录组学分析帮助定义哮喘表型。
方法: 通过42个与哮喘、炎症及免疫功能相关的基因印记进行基因组变异分析（GSVA），阐释来自107例中重度哮喘患者气道活检及上皮刷检物的转录组学。应用临床和病理资料的拓扑数据分析（TDA）提取集群和应用最近缩小质心算法获取印记。
结果: 表达于支气管活检和气道上皮刷检物中的9个GSVA印记区分了两种不同的亚型，即Th-2细胞因子高表达和缺乏激素反应性（第1组和第3组）的哮喘亚型。其中第1组黏膜下嗜酸性粒细胞最多，呼出气一氧化氮（FENO）水平高，急性发作率和使用口服糖皮质激素（OCS），而第3组患者痰嗜酸性粒细胞水平最高，有较高的BMI。相较而言，第2组和第4组的患者分别有86%和64%的概率是非嗜酸性粒细胞炎症。借助机器学习工具，使用现有的炎症标志物痰嗜酸性粒细胞、呼出气一氧化氮水平和OCS使用可以提出一个方案，这个方案可以预测支气管活检物和上皮细胞的基因表达亚型，且具有良好的敏感性和特异性。
结论：这种分析论证了转录组驱动方法的有用性，用于区分部分患者的表型，这些患者可能最大可能从靶向Th2细胞介导的炎症中获益和/或预测对糖皮质激素治疗的不敏感。
关键词：辅助性T细胞2型（Th2）；支气管活检；支气管刷检；糖皮质激素不敏感；重症哮喘
文献来源：Kuo CS, Pavlidis S, Loza M,et al.Transcriptome-driven Analysis of Epithelial Brushings and Bronchial Biopsies to Define Asthma Phenotypes in U-BIOPRED. Am J Respir Crit Care Med. 2016 Aug 31. [Epub ahead of print]
方法: 通过42个与哮喘、炎症及免疫功能相关的基因印记进行基因组变异分析（GSVA），阐释来自107例中重度哮喘患者气道活检及上皮刷检物的转录组学。应用临床和病理资料的拓扑数据分析（TDA）提取集群和应用最近缩小质心算法获取印记。
结果: 表达于支气管活检和气道上皮刷检物中的9个GSVA印记区分了两种不同的亚型，即Th-2细胞因子高表达和缺乏激素反应性（第1组和第3组）的哮喘亚型。其中第1组黏膜下嗜酸性粒细胞最多，呼出气一氧化氮（FENO）水平高，急性发作率和使用口服糖皮质激素（OCS），而第3组患者痰嗜酸性粒细胞水平最高，有较高的BMI。相较而言，第2组和第4组的患者分别有86%和64%的概率是非嗜酸性粒细胞炎症。借助机器学习工具，使用现有的炎症标志物痰嗜酸性粒细胞、呼出气一氧化氮水平和OCS使用可以提出一个方案，这个方案可以预测支气管活检物和上皮细胞的基因表达亚型，且具有良好的敏感性和特异性。
结论：这种分析论证了转录组驱动方法的有用性，用于区分部分患者的表型，这些患者可能最大可能从靶向Th2细胞介导的炎症中获益和/或预测对糖皮质激素治疗的不敏感。
关键词：辅助性T细胞2型（Th2）；支气管活检；支气管刷检；糖皮质激素不敏感；重症哮喘
文献来源：Kuo CS, Pavlidis S, Loza M,et al.Transcriptome-driven Analysis of Epithelial Brushings and Bronchial Biopsies to Define Asthma Phenotypes in U-BIOPRED. Am J Respir Crit Care Med. 2016 Aug 31. [Epub ahead of print]
（南方医科大学南方医院 彭显如 赵海金）
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